Koszty w programie Czyste Powietrze powinny być ponoszone zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa, postanowieniami umowy dotacji, wymogami tego programu, w sposób celowy i oszczędny, z zachowaniem zasad uzyskiwania najlepszych efektów z danych nakładów, i optymalnego doboru metod i środków służących osiągnięciu założonych celów. Przed zakupem materiałów budowlanych, takich jak np. okna, drzwi czy systemy grzewcze, a także usług, należy sprawdzić czy ich ceny nie są zawyżone w odniesieniu do cen i stawek rynkowych.
Zawyżone koszty mogą zostać uznane za nieuzasadnione, co może skutkować utratą dotacji lub konsekwencjami prawnymi. Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (WFOŚiGW) ma prawo i obowiązek kontrolować wydatki, analizować faktury i domagać się uzasadnienia poniesionych kosztów. W przypadku podejrzenia nieprawidłowości, sprawa może zostać zgłoszona do odpowiednich organów.
